Σοβαρότατα προβλήματα για τη δημόσια υγεία στην Ελλάδα μπορεί να προκαλέσει η μόλυνση του υδροφόρου ορίζοντα με άζωτο γεωργικής προελεύσεως σε διάφορες περιοχές της χώρας. Αυτό προκύπτει από απάντηση της επιτρόπου κ. Μάργκοτ Βάλστρεμ σε ερώτηση του ευρωβουλευτή της Νέας Δημοκρατίας κ. Κωστή Χατζηδάκη για την μόλυνση του υδροφόρου ορίζοντα στις περιοχές της Θεσσαλίας, της Ηλείας, της Μεσσηνίας και της Θεσσαλονίκης. Στην απάντησή της η επίτροπος αναφέρει ότι το πλεόνασμα νιτρικών οξέων «μπορεί να προκαλέσει προβλήματα στην υγεία των παιδιών, με την μετατροπή των νιτρικών σε νιτρώδη, στα ύδατα των φρεάτων ή στο πεπτικό σύστημα, (κυάνωση των βρεφών), ενώ τα νιτρώδη υπάρχουν υποψίες ότι έχουν καρκινογόνο δράση αντιδρώντας με τα γαστρικά υγρά, τα δε νιτρικά, περνώντας από τα υπόγεια νερά στα επιφανειακά νερά και στη θάλασσα, ευνοούν τον ευτροφισμό (καταστρεπτική ανάπτυξη φυκιών και πλαγκτόν)»
Η Επίτροπος επισημαίνει ακόμη: «Η Ελλάδα προσάρμοσε πολύ αργά (1997) την οδηγία 91/676/ΕΟΚ του Συμβουλίου, της 12ης Δεκεμβρίου 1991, σχετικά με την προστασία των υδάτων κατά της μόλυνσης από τα νιτρικά γεωργικής προέλευσης, και μόλις πρόσφατα χαρακτήρισε (1999) ως απειλούμενες από την μόλυνση των υπογείων υδάτων, επτά περιοχές ενώ αναγνωρίζει ότι και άλλες περιοχές θα πρέπει να χαρακτηρισθούν κατά τον ίδιο τρόπο. Σε καμία από τις χαρακτηρισμένες περιοχές δεν υπάρχει μέχρι στιγμής κάποιο επίσημο πρόγραμμα δράσης».
Η Επιτροπή διαπιστώνοντας ότι τα μέτρα των ελληνικών αρχών για την εφαρμογή της κοινοτικής οδηγίας 91/676/ΕΟΚ δεν ήταν συμβατά μ’ αυτή αποφάσισε στις 22/12/1999 να προσφύγει στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο. Η Επιτροπή επικρίνει επίσης την ελληνική κυβέρνηση για την απουσία κωδίκων ορθής γεωργικής πρακτικής, την ανεπάρκεια παρακολούθησης των επιφανειακών υδάτων σε θέματα ευτροφισμού καθώς και την απουσία προγραμμάτων δράσης στις χαρακτηρισμένες απειλούμενες περιοχές.
Τέλος, στην απάντησή της η Επιτροπή σημειώνει ότι στη Θεσσαλία, όπου από το 1995 δοκιμάζεται ένα πολύ εντοπισμένο πρόγραμμα για τον περιορισμό των αζωτούχων λιπασμάτων με έγκριση της Επιτροπής, τα αποτελέσματα φαίνονται ελπιδοφόρα και μπορεί στο μέλλον να εμπνεύσει τα επόμενα προγράμματα δράσης σε απειλούμενες από νιτρικά περιοχές.
Σχολιάζοντας την απάντηση της Επιτροπής ο κ. Χατζηδάκης επισημαίνει τα εξής: «Η απάντηση αυτή τα λεει όλα. Στην Ελλάδα διατρέχουμε σοβαρό κίνδυνο από την μόλυνση των υδάτινων πόρων. Γεγονός που οφείλεται στην αδιαφορία της κυβέρνησης να εφαρμόσει την κοινοτική οδηγία 91/676/ΕΟΚ η οποία προβλέπει μέτρα για την προστασία από τα νιτρικά κατάλοιπα. Η κυβέρνηση επιδεικνύει ιδιαίτερο ζήλο στη διαφήμιση του ανύπαρκτου, τις περισσότερες φορές, έργου της. Αν επιδείκνυε τον ίδιο ζήλο για την προστασία του περιβάλλοντος και της δημόσιας υγείας, η κατάσταση θα ήταν πολύ καλύτερη».