Tο κόστος κατασκευής του Μετρό της Αθήνας υπερδιπλασιάσθηκε σε σχέση με τον αρχικό προϋπολογισμό του, σύμφωνα με απάντηση του αρμόδιου επιτρόπου κ. Μισέλ Μπαρνιέ σε γραπτή ερώτηση του ευρωβουλευτή της Νέας Δημοκρατίας κ. Κωστή Χατζηδάκη.
Ο κ. Μπαρνιέ αναφέρει στην απάντησή του ότι ο προϋπολογισμός της κοινοτικής συμμετοχής στο έργο έχει υπερδιπλασιασθεί σε σχέση με τον αρχικό και έφθασε στα 530 δις δραχμές το 1999 από 261.5 δις δραχμές το 1991. Όπως είναι γνωστό η κοινοτική συμμετοχή ισοδυναμεί με το 50% του συνολικού κόστους, δηλαδή στην πραγματικότητα ο συνολικός προϋπολογισμός έφθασε τελικά στα 1,06 τρισεκατομμύρια δραχμές από 523 δις που είχε αρχικά προϋπολογισθεί το έργο!!!).
Ο επίτροπος της Ευρωπαϊκής Ένωσης αναφέρει ότι πέραν της επίπτωσης του πληθωρισμού, το 1994 το ελληνικό κοινοβούλιο ενέκρινε αύξηση κατά 14,64% (τιμές Δεκεμβρίου 1999) του κόστους της σύμβασης, ώστε να επέλθουν βελτιώσεις στο έργο και προσθέτει ότι έγινε επιπλέον αύξηση του προϋπολογισμού κατά 10% (τιμές Μαρτίου 1998), σύμφωνα με τους όρους της σύμβασης «για να αντιμετωπιστούν οι δύσκολες και απρόβλεπτες γεωλογικές συνθήκες και οι απαιτήσεις αυξημένης ασφάλειας για τα κτίρια της πόλης»
Ο κ. Χατζηδάκης στην ερώτησή του είχε επίσης ζητήσει να μάθει ποια θα ήταν η πρόοδος του έργου αν είχε ακολουθηθεί το μοντέλο κατασκευής του αεροδρομίου των Σπάτων (δηλαδή, αυτοχρηματοδότηση και παραχώρηση της εκμετάλλευσης για ορισμένο χρονικό διάστημα). Στην απάντηση του ο κοινοτικός επίτροπος επισημαίνει πως σύμφωνα με πληροφορίες που διαθέτει η Επιτροπή οι ελληνικές αρχές εξετάζουν την δυνατότητα να προχωρήσουν στην κατασκευή των επεκτάσεων του Μετρό με διαφορετικό τρόπο ανάθεσης του έργου όπως για παράδειγμα με συμβάσεις παραχώρησης της εκμετάλλευσης
Σχολιάζοντας την απάντηση του κ. Μπαρνιέ ο κ. Κωστής Χατζηδάκης επισημαίνει τα εξής: «Η επιβεβαίωση εκ μέρους της Κομισιόν ότι ο αρχικός προϋπολογισμός κατασκευής του μετρό υπερδιπλασιάσθηκε είναι ιδιαίτερα θλιβερή. Ακόμη όμως πιο θλιβερή είναι η διαπίστωση ότι μέχρι σήμερα και σε αντίθεση με το αρχικό χρονοδιάγραμμα έχουν παραδοθεί μόνο 7 από τα 18 συνολικά χιλιόμετρα, δηλαδή το 38,8% του έργου. Τόσο ο υπερδιπλασιασμός του κόστους κατασκευής όσο και η καθυστέρηση στην παράδοση του έργου αποδεικνύουν την ανικανότητα της κυβέρνησης να προχωρήσει στην κατασκευή των μεγάλων έργων υποδομής της χώρας. Θεωρώ τέλος αξιοσημείωτη, στην απάντηση του κ. Μπαρνιέ, την πληροφορία ότι οι αρμόδιες αρχές σκέφτονται την κατασκευή των επεκτάσεων του μετρό με το μοντέλο της παραχώρησης της εκμετάλλευσης. Το μοντέλο αυτό ακολουθήθηκε στην κατασκευή του αεροδρομίου των Σπάτων που είναι το μόνο ίσως έργο που τελειώνει σύμφωνα με το χρονοδιάγραμμα και χωρίς υπέρβαση του προϋπολογισμού. Αν πράγματι είχε ακολουθηθεί το μοντέλο αυτό στην κατασκευή και των άλλων μεγάλων έργων και λιγότερα χρήματα θα είχαμε δαπανήσει και στην ώρα τους τα έργα θα είχαν παραδοθεί»